本市於民國94年積極執行「毒品病患愛滋減害試辦計畫」，95年7月正式成立「毒品危害防制中心」。
民國95年：衛生福利部嘉南療養院、衛生福利部新營醫院加入衛生福利部指定藥癮戒治機構。
民國96年：
國立成功大學醫學院附設醫院、衛生福利部臺南醫院、奇美醫療財團法人奇美醫院加入衛生福利部指定藥癮戒治機構。
本市關廟區衛生所、佳里區衛生所等加入美沙冬外展服務據點。
民國97年：配合法務部試辦推動毒品危害防制中心法制化作業，建置毒品成癮者單一窗口服務。
民國98年：
將毒品刑犯納入管理，提供藥癮戒治及社會救助，預防藥癮再犯、愛滋病蔓延及其他衍生犯罪之發生。
成立0800-770-885(請請你、幫幫我)戒毒成功專線。
民國100年：
首次編列500萬元藥癮戒治補助費用。
因應臺南縣市合併改制，設置臺南市政府毒品危害防制中心林森辦公室、東興辦公室。
民國101年：
台南市立醫院加入衛生福利部指定藥癮戒治機構。
首次編列1,000萬元藥癮戒治補助費用，每年續編。
首次與南瀛獅子會合作辦理南瀛獅子盃反毒宣導書法比賽。
民國102年：
全國視導評比：優等。
成立「毒品防制及精神衛生股」專責組織。
本市鹽水區衛生所加入美沙冬外展服務據點。
民國103年：
全國視導評比：優等。
中心組織重整，由原四大組調整為五大組，增設「查緝專責組」由警察局副局長擔任組長，而預防宣導組為強化並整合旅宿業及九大行業反毒宣導，新增經濟發展局及觀光旅遊局為組員。
民國104年：全國視導評比：特優。
民國105年：
編列1,000萬元藥癮戒治補助費用，首次將非鴉片類藥癮者納入補助對象，每年續編。
配合法務部政策，修改追蹤輔導機制，期滿出監、假釋、緩刑、緩起訴、5年內再犯3次第三四級毒品裁罰等個案納入關懷對象。
民國106年：
全國視導評比：特優。
臺南市高中職校二年級學生對藥物濫用之認知及預防自我效能調查研究106年度自行研究報告優等獎。
本市為全國首批加入美沙冬跨區給藥機制之縣市。
民國107年：
轄內衛福部嘉南療養院成立南區整合性藥癮醫療示範中心。
推動中心長期發展策略：愛從家庭出發。
因應特定營業場所執行毒品防制措施辦法發布，積極辦理特定營業場所毒品防制計畫。
各地方毒防中心之中央主政機關由法務部改為衛生福利部。
民國108年：
辦理全國毒品危害防制中心標竿學習營，全國22縣市毒防中心與會分享在地特色。
拍攝「愛從家庭出發─毒防中心伴你行」微電影。
民國109年：
與草爺合作拍攝「兄弟永不放棄」反毒微電影，17萬人觀賞
與本市學校合作拍攝「青春舞YOUNG」，校園反毒說NO
辦理藥癮更生人藝術展，脫癮而出，美好藝思!
於疫情期間維持替代治療運行，並將策略發表於國際期刊〈藥物和酒精依賴〉題目：新型冠狀病毒大流行期間，臺灣如何因應與維持鴉片類替代治療的策略。 (Impact Factor: 3.95)
目前結合36個網絡單位及其它相關民間機關團體，各團隊依權責分工積極推動毒品危害防制。
中心歷史重要軌跡
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