局長-副局長-主任秘書-專門委員-秘書
底下共有12單位分別為疾病管制科；國民健康科；食品藥物管理科；醫事科；心理健康科；檢驗中心；衛生稽查科；綜合企劃科；秘書室；人事室；會計室；政風室
並有37區衛生所，分別為東區衛生所；南區衛生所；北區衛生所；中西區衛生所；安平區衛生所；安南區衛生所；仁德區衛生所；歸仁區衛生所；關廟區衛生所；龍崎區衛生所；永康區衛生所；新化區衛生所；新市區衛生所；善化區衛生所；安定區衛生所；山上區衛生所；玉井區衛生所；楠西區衛生所；南化區衛生所；左鎮區衛生所；麻豆區衛生所；下營區衛生所；六甲區衛生所；官田區衛生所；大內區衛生所；佳里區衛生所；西港區衛生所；七股區衛生所；將軍區衛生所；北門區衛生所；學甲區衛生所；鹽水區衛生所；新營區衛生所；柳營區衛生所；東山區衛生所；後壁區衛生所；白河區衛生所等。
組織架構圖