檢驗中心致力於提供專業且優質的檢驗服務，檢驗業務包含年度稽查抽驗計畫、專案計畫、民眾檢舉抽驗、食品廠商委託檢驗、營業衛生水質微生物檢驗、傳染病醫事檢驗及濫用藥物尿液檢驗等。於東興和林森辦公室皆設置實驗室，透過二地檢驗專責分工，執行公共衛生檢驗把關。同時，為確保檢驗品質，藉由實驗室認證和檢驗能力試驗，展現具有公信力且與國際接軌的檢驗品質保證。除了檢驗業務，檢驗中心配合本局行動醫院整合式篩檢活動，在取得參與民眾簽署同意書後，將檢驗驗餘檢體及資料進行編碼、加密後保存管理，成立「臺南市政府生物資料庫」，提供研究團隊生物醫學研究發展運用，為本市市民健康提供另類服務。
業務項目及分工:
生 物 醫 學 股：
✓ 食品微生物：大腸桿菌、大腸桿菌群(食品中、包/盛裝飲用水)、沙門氏桿菌、金黃色葡萄球菌等
✓ 食品摻假：動物性成分、植物性成分
✓ 黃豆基因改造
✓ 濫用藥物尿液檢驗：安非他命類、愷他命代謝物、海洛因、鴉片代謝物、大麻代謝物、新興毒品等
✓ 化妝品微生物檢驗：生菌數、金黃色葡萄球菌、綠膿桿菌、大腸桿菌等
✓ 公共衛生檢驗：梅毒螺旋體血球凝集試驗、後天免疫不全症候群抗體篩檢、後天免疫不全症候群確認檢驗、登革熱確認等
✓ 生物資料庫
分 析 化 學 股：
✓ 農藥殘留量：殘留農藥(食品、禽畜產品)、殺菌劑-二硫代胺基甲酸鹽類等
✓ 動物用藥：多重殘留分析、孔雀綠及其代謝物、乙型受體素類、氯黴素、四環黴素類等
✓ 重金屬：鉛、鎘、汞、砷、銅、甲基汞、無機砷等
✓ 中藥及食品摻加西藥成分：補腎滋養類(壯陽類)、減肥類、感冒類、類固醇類等
✓ 食品添加物檢驗：防腐劑、甜味劑、過氧化氫、二氧化硫、亞硝酸鹽、硼酸及其鹽類等
✓ 真菌毒素：黃麴毒素、赭麴毒素等
✓ 電子菸：尼古丁
✓ 化學成分：溴酸鹽、甲醛等
✓ 食品用洗潔劑：砷、重金屬、甲醇、螢光增白劑
✓ 化妝品：防腐劑、抗菌劑等
主任：朱巧君
• 學歷：國立陽明大學生物化學研究所碩士
• 經歷：
臺南市政府衛生局檢驗中心股長
臺南市政府衛生局檢驗科股長
臺南縣衛生局檢驗科技士
臺南縣永康市衛生所醫事檢驗師
台北榮民總醫院醫事檢驗師
(06) 6357716 #600
分析化學股-股長：盧昭吟
• 學歷：中華醫事科技大學職業安全衛生系碩士
• 經歷：
臺南市政府衛生局檢驗中心技士
臺南市新營區衛生所醫事檢驗師
臺南縣白河鎮衛生所醫事檢驗師
新營醫院醫事檢驗師
(06) 6357716 #605
生物醫學股-股長：賴佳柔
• 學歷：中國醫藥大學基礎醫學研究所碩士
• 經歷：
臺南市政府衛生局疾病管制科技士
嘉義縣衛生局檢驗科技佐
高雄市政府衛生局食品科技佐
(06) 6357716 #633
聯絡資訊
• 東興辦公室
市話 (06) 6357716 #600~#613
傳真 (06)6337387
• 林森辦公室
(06)2679751 #600~603
•乙型受體素檢驗諮詢專線：06-6357723