致病原
腸病毒屬於小RNA病毒科（Picornaviridae），為一群病毒的總稱，在1997年以前，已知而被分類的腸病毒共有小兒麻痺病毒（Poliovirus）共3型（1至3型）、克沙奇病毒（Coxsackievirus），含23種A型（A1至A22型，A24型）及6種B型（B1-B6型）、伊科病毒（Echovirus）共30型（1至33型，但8、10及28型除外）及腸病毒（Enterovirus）（68型～）等60餘型，近年來又陸續發現多種型別，「國際病毒分類委員會」( International Committee on Taxonomy of Viruses ICTV)
在2000年依據病毒學基因序列分析結果，重新將腸病毒分為人類腸病毒A、B、C、D（Human enterovirus A、B、C、D）等4種species，而每一種人類腸病毒又有多種血清型，其中腸病毒71型被歸類於腸病毒A型。2013年2月時，委員會決議將原本分類中的宿主名稱拿掉，變成腸病毒A、B、C、D（Enterovirus A、B、C、D）。
在所有腸病毒中，除了小兒麻痺病毒之外，以腸病毒71型（Enterovirus Type 71）最容易引起神經系統的併發症，此病毒是在1969年美國加州的一次流行中首次被分離出來，當時引起很多無菌性腦膜炎與腦炎的病例。此後包括澳洲、日本、瑞典、保加利亞、匈牙利、法國、香港、馬來西亞等地都有流行的報告，台灣在十幾年前也曾經流行過，可見此型腸病毒的分布是全世界性的。
比較特別的是，雖然世界各地的報告大多發現，感染腸病毒71型後，發生神經系統併發症的比率特別高，但是嚴重程度各有不同，有的只出現腦膜炎、輕微腦炎、肢體麻痺等非致命性的併發症，有的則像1998年台灣的流行一樣出現死亡病例，包括保加利亞、匈牙利、馬來西亞、日本都有過類似的情形，其可能的危險因子尚待進一步的探討與研究。
除了腸病毒71型之外，腸病毒D68型也可能引起嚴重的症狀，包含神經系統症狀及呼吸衰竭等。
腸病毒D68型最早是1962年時在美國加州的一波流行疫情中，從四位患有嚴重下呼吸道感染的病童檢體中所分離出來，在2014年以前並非常見的腸病毒型別，僅有少數的群聚事件被報導出來，直到2014年8月起美國發生大規模腸病毒D68型感染疫情，甚至出現急性無力脊髓炎(acute flaccidmyelitis AFM)關連性病例，之後在加拿大及歐洲等國家陸續報告出類似病例才受到重視。
在2014年8月中到2015年1月15日間，美國一共確認了1153例由腸病毒D68型所引起呼吸道疾病之病例，絕大部分的病例為兒童，且其中有許多病童患有氣喘或是有氣喘病史。腸病毒D68型在分類上是被歸類在腸病毒D型，但其物理生化特性反倒是與人類鼻病毒(Human rhinoviruses)較為相似，例如該病毒較不耐熱及不耐酸，在細胞培養中較適合生長於33℃，而非一般腸病毒培養之37℃；此外，腸病毒D68型主要是從呼吸道檢體中分離，反而較少自糞便中檢出。預防方法與防治策略則與其他腸病毒大致相同。
傳染方式
人類是腸病毒唯一的傳染來源，主要經由腸胃道（糞-口、水或食物污染）或呼吸道（飛沫、咳嗽或打噴嚏）傳染，亦可經由接觸病人皮膚水泡的液體而受到感染，此外，新生兒則可能透過胎盤、孕婦分娩過程或產後人際接觸等途徑感染腸病毒。在發病前數天，喉嚨部位與糞便就可發現病毒，此時即有傳染力，通常以發病後一週內傳染力最強；而患者可持續經由腸道釋出病毒，時間長達8到12週之久。
潛伏期：感染腸病毒後，約2到10天（平均約3到5天）會開始出現症狀。
臨床症狀
腸病毒可以引發多種疾病，其中很多是沒有症狀的感染，或只出現類似一般感冒的輕微症狀。常引起手足口病（hand-foot-mouth disease）及疱疹性咽峽炎（herpangina），有些時候則會引起一些較特殊的臨床表現，包括無菌性腦膜炎、病毒性腦炎、心肌炎、肢體麻痺症候群、急性出血性結膜炎（acute hemorrhagic conjunctivitis），或因感染腸病毒D68型而引起嚴重呼吸道症狀、腦炎或急性無力脊髓炎等。另外，新生兒感染腸病毒的症狀大多與嬰幼兒的表現不同，最常見的症狀包括發燒、食慾不佳、活動力下降、躁動不安、皮膚出現紅疹、腹瀉或嘔吐等，病況進展嚴重時可引發心肌炎、肝炎、腦炎、新生兒敗血症。
腸病毒感染較常見的疾病、臨床症狀及可能病毒型別如下：
1.泡疹性咽峽炎：由A型克沙奇病毒引起。特徵為突發性發燒、嘔吐及咽峽部出現小水泡或潰瘍，病程為4至6天。病例多數輕微無併發症，少數併發無菌性腦膜炎。
2.手足口病：由A型克沙奇病毒及腸病毒71型引起，特徵為發燒及身體出現小水泡，主要分布於口腔黏膜及舌頭，其次為軟顎、牙齦和嘴唇，四肢則是手掌及腳掌、手指及腳趾。常因口腔潰瘍而無法進食，病程為7-10天。
3.嬰兒急性心肌炎及成人心包膜炎：由B型克沙奇病毒引起，特徵為突發性呼吸困難、蒼白、發紺、嘔吐。開始可能誤以為肺炎，接著會又明顯心跳過速，快速演變成心衰竭、休克、甚至死亡，存活孩子會復原得很快。
4.流行性肌肋痛：由B型克沙奇病毒引起，特徵為胸部突發陣發性疼痛且持續數分鐘到數小時，合併發燒、頭痛及短暫噁心、嘔吐和腹瀉，病程約1週。
5.急性淋巴結性咽炎：由A族克沙奇病毒引起。特徵為發燒、頭痛、喉嚨痛、懸雍垂和後咽壁有明顯白色病灶，持續4至14天。
6.發燒合併皮疹：與各類型克沙奇及伊科病毒都有關，皮疹通常為斑丘疹狀，有些會出現小水泡。
7.新生兒腸病毒感染：主要由B型克沙奇病毒或伊科病毒引起。初期症狀包括發燒、食慾不佳、活動力下降、躁動不安、皮膚出現紅疹、腹瀉或嘔吐等，病況進展嚴重時可引發心肌炎、肝炎、腦炎、新生兒敗血症。
預防方法
病人及接觸者處理
（一）腸病毒的傳染力極強，但可透過簡單的衛生保健動作，有效降低感染的機會 （二）腸病毒的預防方法：
- 勤洗手，養成良好的個人衛生習慣。
- 均衡飲食、適度運動及充足睡眠，以提昇免疫力。
- 生病時，應儘速就醫，請假在家多休息。
- 注意居家環境的衛生清潔及通風。
- 流行期間，避免出入人潮擁擠，空氣不流通的公共場所。
- 儘量不要與疑似病患接觸，尤其是孕婦、新生兒及幼童。
- 新生兒及嬰兒可多餵食母乳，以提高抵抗力。
- 在接觸或哺育新生兒前應洗手，必要時務必更衣、戴口罩；除母親或主要照顧者以外的人員儘量避免接觸新生兒。
- 幼童之照顧者或接觸者應特別注意個人衛生。
- 兒童玩具（尤其是帶毛玩具）經常清洗、消毒。
（三）腸病毒消毒方法：
- 消毒方法的選用：
- 腸病毒對酸及許多化學藥物具抵抗性，如抗微生物製劑、清潔消毒劑及酒精，均無法殺死腸病毒。
- 醛類、鹵素類消毒劑（如市售含氯漂白水）可使腸病毒失去活性。
- 腸病毒於室溫可存活數天，4℃可存活數週，冷凍下可存活數月以上，但在50℃以上的環境，很快就會失去活性，所以食物經過加熱處理，或將內衣褲浸泡熱水，都可減少腸病毒傳播。
- 乾燥可降低腸病毒在室溫下存活的時間。
- 紫外線可降低病毒活性。
- 含氯漂白水之使用方法（使用時請穿戴防水手套並注意安全）：
- 一般環境消毒，建議使用500ppm濃度之漂白水。
- 針對病童分泌物或排泄物污染之物品或表面，建議使用1000ppm之漂白水。
- 以泡製500ppm含氯漂白水為例：
- 取巿售家庭用含氯漂白水（次氯酸鈉濃度一般在5到6%）5湯匙（一般喝湯用的湯匙，約15至20 c.c.）或小瓶養樂多1瓶（約100c.c.）的量。
- 加入10公升的自來水中（大寶特瓶每瓶容量1,250 c.c.，8瓶即等於10公升），攪拌均勻即可。（腸病毒消毒水調配教學）
- 環境消毒重點：
- 不需要大規模噴藥消毒。
- 只需對於常接觸物體表面（門把、課桌椅、餐桌、樓梯扶把）、玩具、遊樂設施、寢具及書本做重點性消毒。
- 清洗完畢的物體可移至戶外，接受陽光照射。
病人及接觸者處理
個案通報與追蹤
（一）疑似腸病毒感染併發重症：
依據傳染病防治法，腸病毒感染併發重症屬於第三類傳染病，醫師或醫療（事）機構於診治或發現符合或疑似下述定義之病人時，應於一週內向當地衛生局報告。腸病毒感染併發重症病例定義（通報定義）如下：
病例須符合下列三項中至少一項：
◆出現典型的手足口病或疱疹性咽峽炎，同時有肌躍型抽搐（myoclonic jerks）之症狀或併發腦炎、急性肢體麻痺症候群、急性肝炎、心肌炎、急性心肌病變、心肺衰竭等嚴重病例。
◆無手足口病或疱疹性咽峽炎，但出現呼吸道感染症狀，伴有腦幹腦炎或急性無力脊髓炎，懷疑為腸病毒感染導致者。
◆出生三個月內嬰兒，出現心肌炎、肝炎、腦炎、血小板下降、多發性器官衰竭等敗血症徵候，並排除細菌等其他常見病原感染者。
（二）疑似腸病毒群聚事件：
同一機構或場所內，出現兩名以上疑似病例，且有人、時、地流行病學相關即屬聚集。惟依腸病毒傳染特性，聚集事件屢見不鮮，考量實驗室及防疫人力負荷，重大聚集事件（發生於醫院嬰兒室、新生兒病房、托嬰中心、產後護理之家等場所，個案為腸病毒感染併發重症高危險群）始須進行通報及採檢。作業流程請參閱本署全球資訊網首頁 > 通報（各類傳染病通報系統） > 症狀通報系統之「症狀監視及預警系統作業說明」。
學校及幼兒園發生疑似腸病毒群聚事件時，無須依「症狀監視及預警系統作業說明」進行通報及採檢，但仍應遵循地方政府公告之轄內腸病毒輕症個案通報及群聚事件管理措施，以降低傳播風險。
（三） 腸病毒重症通報個案疫調及病歴調閱
為釐清可能之感染來源，需針對通報個案進行疫情調查，包含發病過程、就醫情形、照顧者及同住者、潛伏期內活動情形等。此外，由於腸病毒重症個案之研判需合併臨床症狀及檢驗結果，故於通報後除立即採取檢體外，需調閱相關病歴資料，以利個案研判。確定個案須密切追蹤病況至出院為止。
（四） 腸病毒重症確定個案後遺症追蹤
為全面瞭解國內腸病毒重症個案之疾病負擔，對於出院時仍未完全復原之個案，需於發病6個月後追蹤個案之復原狀況及是否有後遺症，以建立相關資料庫，供後續疫苗效益評估及訂定防治策略參考。
感染防治
本著預防重於治療之基本精神，結合所有可用之資源，參考美國CDC對於腸病毒感染症之防治策略，包括加強監測及蒐集資料、加強個人衛生等方法，同時結合傳染病三段五級的預防概念來研訂防治策略，包括規劃辦理衛教宣導（初段預防）、進行相關研究及技術發展（次段預防），以及提昇醫護品質（末段預防）等，俾提供全民專業防疫服務，快速而正確的提供疫病資訊，有效地進行疫病的預防、撲滅及控制，使全民能免於疫病威脅的恐懼，進而保障全民的健康。
（一）初段預防：
- 規劃辦理衛教宣導：充實一般民眾、教（托）育人員、學校護理人員及醫護衛生防疫人員之防治知能，宣導重點包括「腸病毒之流行季節與病毒簡介、傳染途徑、臨床症狀等相關知識」、「個人保持良好衛生習慣」、「正確洗手觀念養成及落實強調大人及小孩正確洗手的觀念」、「腸病毒感染重症前兆病徵」、「新生兒腸病毒注意事項」等。
- 適時發布新聞稿，或召開記者會，提醒民眾注意防範。
- 修訂腸病毒防治相關手冊，提供教（托）育人員之腸病毒防治知識，強化防疫人員防治知能。
- 透過多元資訊管道，如本署英文網頁、國際疫情網站、或電子郵件等，與國外相關機構及單位進行疫情資訊交流。
（二）次段預防：
- 進行腸病毒感染併發重症前兆指標、生物特性及血清流行病學等研究。
- 積極宣導腸病毒感染併發重症前兆病徵及正確就醫。
- 維持「區域性病毒檢驗標準實驗室」運作，掌握國內腸病毒之流行趨勢及其流行血清型別之變動情形，提昇總體實驗室之診斷水準。
（三）末段預防：
- 建置及維持諮詢管道，聘請醫療學術界專家協助腸病毒感染併發重症病例治療之諮詢，訂定相關處理綱要及注意事項，提供臨床醫師參考，及提供疑似重大群聚感染事件之處置建議。
- 指定腸病毒責任醫院，實施腸病毒醫療品質提升計畫，建立醫院間橫向聯繫窗口，加速轉診效率，確保醫療品質。
- 建置「腸病毒71型感染併發重症臨床處置建議」及「新生兒腸病毒感染臨床處置建議」數位教材，並鼓勵醫師上網學習。
- 辦理醫師專業講習訓練，提昇腸病毒醫護品質，降低腸病毒重症致死率。
治療照護
腸病毒感染症目前並沒有特效藥，只能採取支持療法（如退燒、止咳、打點滴等），絕大多數患者會在發病後7到10天內自行痊 癒，僅有少數患者會出現嚴重併發症。
在幼兒感染腸病毒後的5天內，家長與其他照顧者要特別注意病情變化，如果出現「嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力」、「肌躍型抽搐（無故驚嚇或突然間全身肌肉收縮）」、「持續嘔吐」與「呼吸急促或心跳加快」等腸病毒重症前兆，請務必立即送到大醫院，診所醫師如果發現腸病毒幼兒出現以上症狀，也請協助立即轉診大醫院。疾病管制署108年已指定76家腸病毒責任醫院，各縣市都有。